Der zweite Teil der historischen Ausstellung behandelt die Geschichte der deutschen Juden im 19. und 20. Jahrhundert unter besonderer Berücksichtigung der Bedingungen in Frankfurt am Main.
Thematisiert werden unter anderem die ideengeschichtlichen Voraussetzungen der Aufklärung und der politische Kampf um bürgerliche Gleichstellung. Dadurch veränderte sich auch die Identität der jüdischen Gemeinschaft, was schließlich in Frankfurt sogar zur Spaltung der Jüdischen Gemeinde führte.
Weiter geht es um die Veränderung der traditionellen Judenfeindschaft in einen modernen, rassisch definierten Antisemitismus.
Die Integration der Juden in und mit Deutschland zeigt das Ausstellungskabinett zum Judentum in der Weimarer Republik.
Die Abteilung „Juden in Frankfurt am Main 1933–1942” stellt den Etappen der Entrechtung und Enteignung das Bemühen der jüdischen Institutionen um Selbstbehauptung und Widerstand gegenüber.
Die „Wand der Namen” nennt die Menschen, die aus Frankfurt verschleppt und ermordet wurden.
Der letzte Teil behandelt den Neubeginn jüdischen Lebens nach 1945 in den Lagern für jüdische Überlebende ebenso wie in der Stadt Frankfurt. Ein Film schildert das Nachkriegsschicksal der Überlebenden in den Besatzungszonen und den Kampf um einen eigenen jüdischen Staat.
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